截至2020年6月30日，南京市学位授予单位(不含军队单位)自主设置二级学科名单如下：
单位名称一级学科名称自设二级学科名称南京大学哲学东方哲学与宗教文化哲学法学商法学政治学中国政府与政治社会学社会心理学社会工作教育学体育教育与训练学中国语言文学海外汉学研究对外汉语教学外国语言文学东亚语言文学中国史边疆学世界史国际关系史地理学旅游地理与旅游规划海岸海洋科学土地利用与自然资源管理国土空间规划资源环境遥感大气科学气候系统与气候变化地质学海洋地球化学水文地质学地震学材料科学与工程新能源材料与器件信息与通信工程控制科学与智能工程计算机科学与技术计算机网络与信息安全建筑学城乡规划与设计地质资源与地质工程能源地质学环境科学与工程环境规划与管理环境材料工程临床医学重症医学口腔科学工商管理人力资源管理公共管理社会风险与公共危机管理大众传播与媒介管理应急管理图书情报与档案管理信息资源管理出版学国家安全数据管理美术学数字媒体公共设计艺术东南大学机械工程工业设计工业工程动力工程及工程热物理能源环境工程电子科学与技术集成电路设计信息与通信工程信息安全计算机科学与技术图像处理与科学可视化土木工程土木工程材料土木工程建造与管理交通运输工程交通测绘与信息技术交通地下工程生物医学工程神经信息工程学习科学管理科学与工程金融工程南京航空航天大学法学航空航天法学网络法学力学纳米力学机械工程微细制造及微机电系统光学工程光电信息 ……此处隐藏692个字……料科学与工程化学新材料土木工程土木测绘与信息技术轻工技术与工程印刷与包装工程林业工程家具设计与工程生物质能源科学与技术木材加工装备与信息化林学林木基因组与生物信息学南京信息工程大学大气科学气候系统与气候变化应用气象学大气遥感与大气探测雷电科学与技术3S集成与气象应用空间天气学海洋气象学地表圈层与过程水文气象学信息与通信工程光电信息工程信息安全导航与空间信息环境感知与智能控制环境科学与工程环境遥感环境生态学生物环境信息材料管理科学与工程高等教育管理南京农业大学生物学生物信息学应用海洋生物学天然产物化学农业工程环境污染控制工程作物学农业信息学种子科学与技术园艺学观赏园艺学药用植物学设施园艺学畜牧学动物生产学动物生物工程农林经济管理农村与区域发展农村金融南京医科大学临床医学全科医学重症医学公共卫生与预防医学卫生检验学社区医学与健康教育学药学临床药学南京中医药大学中医学中医康复学中医外语中医养生学中医文化学中医药信息学临床中药学中西医结合中西医结合护理中西医结合精神医学中西医结合营养学中药学中药炮制学中药药理学中药药剂学中药资源学中药鉴定学中药化学中药分析学中药制药工程学中国药科大学药学制药工程学社会与管理药学药物生物信息学海洋药物学临床药学药物代谢动力学药学信息学药物经济学天然药物化学中药学中药化学中药生物技术学中药药理学中药制剂学中药分析学中药资源学中药鉴定学中药炮制学南京师范大学教育学德育学美育学少年儿童组织与思想意识教育教育信息工程家庭教育学小学教育学中国语言文学应用文体学对外汉语数学数学教育地理学海洋地理学地理环境遥感生物学生物技术南京财经大学应用经济学贸易经济(粮食经济)文化创意产业食品科学与工程食品安全与营养工商管理营销与物流管理传媒经营管理南京体育学院体育学运动康复学
